手沖咖啡使用的是過濾法，而虹吸式咖啡則是把浸泡法和過濾法加以融合，其實更加能突顯風味，但現在流行的「精品咖啡」多用過濾法手沖咖啡，所以先給大家介紹手沖咖啡。
設備比較：手沖咖啡這種過濾法的咖啡沖泡方式，原型是由一位叫BIGGIN的英國人發明的，因為當初咖啡被引進到英國的時候，同時引進的是土耳其式的浸泡法做咖啡，英國人喜歡咖啡但很不喜歡咖啡渣的口感，於是這位BIGGIN先生在十七世紀末發明了絨布過濾咖啡的原型就叫BIGGIN，然後十八世紀初期，法國人也發明了一個金屬的過濾器，不過大部份人還是喜歡使用BIGGIN，就這樣一直用到歐洲使用工業化方式用機器煮咖啡，這種手沖式的咖啡用具才被日本人所使用並發揚光大。
虹吸式咖啡壺在台灣和日本最為常見，聽說最早是由蘇格蘭造船師Robed Napier發明，1830年在德國也出現過，最後再由法國和英國不斷的改良成為上下二個壼的這種靠加熱和大氣壓力的作用下，加熱使水往上走(水受熱汽化體積膨脹)，關火後咖啡被過濾往下走(水蒸汽冷卻凝結體積收縮)，來完成浸泡和過濾的咖啡壼，秀味十足，製作者彷彿像是科研人員般。
材質： 手沖咖啡發展至今，從使用的過濾材質上分成二派使用，老派是使用法蘭絨，目前在使用的比較少，新派用一次性的過濾紙，二派各有優缺點和擁護者。法蘭絨有種讓人覺得不衛生和重複串味的擔憂；而紙過濾雖然快速衛生，但咖啡中的油脂（Crema）被吸走的更多，風味明顯沒有法蘭絨的厚醇。
虹吸式咖啡壺中間的過濾裝置，始終用的都是法蘭絨，也沒見過其它的代替品。
咖啡粗細及份量： 二者對咖啡粗細和份量的要求都是一樣的，按著SCAA的杯測標準會太淡，飲用可以再多一點，我建議250ml的水使用25克咖啡豆，而研磨刻度在3比較合適。
水溫及沖泡時間： 手沖咖啡大致的時間會在2分30~45秒，日本還有不少的咖啡業者喜歡沖泡時間在4分鐘以上，而水溫大致在90度左右，水溫更低的或磨的比較粗的，都會把沖泡時間拉長；而虹吸式咖啡壺應該的萃取時間比手沖短了至少2分鐘以上，通常45~50秒萃取完成，雖然時間短，但水溫比手沖高了10度左右，幾乎使用100度以上的沸騰水，所以浸泡時間若太長，必會影響風味。
另外，手衝過濾法的変化性比較大，手法、溫度、水流速的不同，都會影響風味的変化；相反，虹吸壼的変化性比較少，對於咖啡豆風味的調整空間並沒有手衝來的豐富，只要不製作失敗，差不多是很容易標準化。
口味差異之我見：
手沖當道，鋒不可擋，手沖的最大媚力在於能喝到普通所認知下咖啡的其它多種風味，果酸也好，堅味也罷，豐富而多層次，前中後味都非常明顯；而虹吸式咖啡所萃取出來的咖啡液，並不只是用沖泡的方式，由於熱脹冷縮的大氣作用，咖啡豆裡的咖啡精華彷彿是被抽拔出來般，因此虹吸式雖然萃取時間短，但十分濃厚，咖啡因也很重。
從一般人喝咖啡的傳統認知下，我還是比較喜歡咖啡苦味重但是溫柔的厚重，而非強裂的刺激苦，這點虹吸式咖啡是完全可以做到的，而手衝咖啡雖然風味十足，但恐有多數人無法接受那樣帶著果酸或檸檬酸的咖啡是咖啡，尤其是中淺焙，讓消費者接受的路還有一大段。
至於目前為什麼"精品咖啡"都是用濾紙手沖?
這是因為SCAA和CoE他們老外對單品咖啡只會用濾紙手沖，他們知道但沒接觸過虹吸式，所以變成如今這樣。
其實我覺得用濾紙或是法蘭絨或是虹吸式或是摩卡壺，這都是自己對咖啡口味的喜好去使用，或是咖啡館從業者喜好用哪種工具去表現精品咖啡，並無一定的標準，現在這就是濾紙手沖的跟風而己，甚至一次性掛耳包同樣也能衝出好咖啡
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