路飛黑化後，不再追尋曾經的航海夢想，而是利用之前的威名建立起了一個大海賊團搶占完所有前四皇的領地，並籠絡原四皇的幹部，而且獲取了黑鬍子竊取果實的方法，路飛得到了震震果實和暗暗果實，成為三果實存在，同時聯絡他的父親龍策劃正面襲擊海軍，利用羅賓解出了古代兵器的秘密，並讓弗蘭奇成功製造出了古代兵器，在古代兵器的威懾下，海軍不堪一擊，各地分部全部毀滅，海軍本部也在堅守一天內覆滅，大將全部陣亡。

剛正不阿的元帥赤犬雖敗但不屈服，突然黑化的路飛想起了當年的頂上戰爭，憤怒的路飛直接用手把赤犬的頭給硬生生的扯了下來，而且為展現自己的鐵血，把赤犬的頭當著所有小弟的面展示，並且引發震動淹沒了阿拉巴斯坦和香波地，甚平看出了路飛的改變，宣布退團回魚人島，路飛很是不滿，受暗暗果實影響愈加嚴重，路飛越來越瘋狂，認為甚平讓他丟臉了，於是第二天就親自率隊毀滅了魚人島，把甚平扯成了兩半， 並享受甚平屍體滴下的鮮血。

黑化的路飛殘暴的做法連龍和薩博的看不下去了，多次當面和路飛爭吵，最後路飛囚禁了龍和薩博，並在監獄中怨恨龍多年不愛他不管他，成為現在這樣是他這個作為父親所導致的，然後一拳一拳親手打死了龍，薩博則被關押到已經淪陷為草帽團領地的推進城，其餘反對的人都被殘暴鎮壓。

至於草帽團其他成員，都或多或少也受到了暗暗果實影響，都依舊跟隨著路飛，並享受著殺戮和毀滅，唯獨山治受愛情看清了現狀，帶著布林秘密離開躲到了遠方。

路飛最後率領著龐大的艦隊進攻聖地瑪麗喬亞，在那裡路飛為了徹底抹掉過去，親手殺死了自己的爺爺卡普，五老星死無全屍，路飛最後與伊姆進行最後的戰鬥，從精神戰鬥到現實戰鬥，路飛堅定的意志最終擊敗了伊姆，並獲得了永生的秘密，但他已經無所謂，因為他早已誘騙了羅幫他做了永生手術，從此世界開啟了黑暗紀元，路飛在聖地瑪麗喬亞的廢墟上建立了一座暴君城堡，但世界的希望依舊尚在，以克比為首的正義力量在世界各地反抗著，最終的未來還沒有定數。