孫重三小兒推拿流派學術思想，本流派以整體觀念為指導思想，主要體現在以下幾點：
1.外感病因天人相應，內傷病因五臟相關。該流派重視整體觀念，認為人外與自然相應，內則五臟相關，因而外感病多為觸冒四時不正之氣，內傷病多因臟腑功能失調、五臟生剋相傾而發。
2.四診互證，尤擅望聞。該流派在診斷時，主張四診合參，相互補充印證，達到全面認識疾病的目的。認為「有諸內必形之於外」，整體望診：望神氣形態推斷疾病的預後轉歸；局部望診：望頭面五官判斷臟腑盛衰，望指紋判斷疾病的寒熱虛實。聞診既包括辨別小兒咳、喘、噦、呻、鼻息等聲音，還包括「嗅」患兒呼吸氣息和排泄物的異常氣味。
3.辨證循八綱，治則調陰陽。該流派認為無論外感內傷，最終都導致陰陽失調。因而臨證時根據四診資料，辨別表裡、寒熱、虛實，統之以陰陽。運用手法補虛瀉實，通過經絡「行氣血，通陰陽」的作用，來調整臟腑營衛，最終達到「陰平陽秘」的狀態。並將順應四時變化、守護正氣作為預防疾病的手段。在疾病治療療過程中處處體現了「整體觀念」。
4.治療分標本緩急，擅長救治急重症。本流派既重視整體調整，又不忽視局部（標）對整體（本）的影響。「小大不利治其標」，以推箕門、揉運膀胱治療「癃閉」，能及時緩解患兒痛苦。遇有昏迷患兒，以掐中衝、人中、威靈、拿前後承山、委中開竅醒神，並且指出在救治高熱痙厥患兒時，應急以壓舌板壓舌，保持呼吸道通暢。
5.通盤籌劃，處方周密，用穴主次有序。除「癃閉」只有兩個穴位外，該流派臨證處方用穴均在8個以上，其中主穴5~7個，輔穴4~9個。在運用時，主穴針對主要病機或主要症狀，輔穴針對次要病機或對症治療，主穴推時長，輔穴推時短。處方君臣有序，相輔相成，療效極佳。
複式手法是小兒推拿療法中的特定操作方法，它是用一種或幾種手法在一個或幾個穴位上按一定程序進行特殊的推拿操作方法。複式操作法在歷代醫家著作中記載不一，名稱有異。《竅穴圖說推拿指南》稱之為「大手術」；《小兒推拿療法新編》則稱之為「複合手法」等。有些複式操作法在臨床中至今還有較高的應用價值。
其他流派也有復式手法，但比較零散，孫重三流派複式手法，相較其他流派更為完整和詳盡，所謂「十三大復式手法」即：搖鬥肘法、打馬過天河法、黃蜂入洞法、水底撈月法、飛經走氣法、按弦搓摩法、二龍戲珠法、蒼龍擺尾法、猿猴摘果法、擦臍及龜尾並擦七節骨法、赤鳳點頭法、鳳凰展翅法、按肩井法等。
1．搖抖肘法
部位：在手和肘關節處。
操作：醫者先以左手將、食、中三指托患兒之鬥肘，再以右手拇、食指又入虎口，同時用中指按定天門穴，然後屈患兒之手上下搖之，搖20 -30次。
效用：順氣和血，通經活絡。
2. 打馬過天河
部位：自患兒掌心向上至洪池處。
操作：醫者先以運內勞宮法運之，然後屈患兒四指向上，以左手握住，再以食、中二指頂端自內關、間使，循天河向上，一起一落打至洪池為一次，打至10－12次。另法以拇、中二指由內關起，循天河彈打至洪池。
效用：退熱、活絡、通關節。
3. 黃蜂入洞
部位：在兩鼻孔。
操作：醫者以左手扶患兒之頭部，右手食、中二指輕人患兒鼻孔揉之，20－30次。
效用：發汗、通氣、祛風寒。
4．水底撈月
部位：在小指掌面至手心處。
操作：醫者先以左手持想兒四指，再以右手食、中指固定患兒之拇指，然後用拇指自患兒小指尖推至小天心處，再轉入內勞宮為一遍，推30－ 50遍。
效用：性涼寒，能退熱。
5. 飛經走氣
部位：自曲池至手指稍。
操作：醫者先用右手握住患兒左手四指，再用左手四指從曲池起按之、跳之，至總筋處數次，再以拇、中二指拿住患兒之陰池、陽池二穴不動，然後右手將患兒左手四指向上往外，一伸一屈，連續做20-50次。
效用：行一身之氣，清肺、化痰。
6．按弦搓摩
部位：從兩脅至肚角。
操作：令人抱患兒於懷中，較大的小兒，最好令其兩手置頭後或交叉搭在兩肩上，醫者以兩手從患兒兩脅自上向下搓摩至肚角處50－100次。
效用：順氣、化痰，除胸悶、開積聚。
7.二龍戲珠
部位：在前臂之正面
操作：醫者以左手持患兒之手，使掌心向上，親筆甚至，右手食、中二指患兒總筋處，以指頭交互向前按之，直至曲油為一遍，按20－30遍。
效用：鎮驚定搐、調和氣血。
8．蒼龍擺尾
部位：在手及肘部。
操作：醫者以左手托患兒之鬥肘，右手握患兒食、中、無名、小指、左右擺搖如擺尾之狀，搖20－30次。
效用：退熱、開胸、通便。
9．猿猴摘果
部位：在兩耳尖及兩耳垂。
操作：醫者以兩手食、中二指夾住患兒兩耳尖向上提10－20次。再捏兩耳垂向下拉10－20次，如猴摘果之狀。
效用：定驚悸、除寒積。
10.赤鳳點頭
操作：醫者用左手托患兒之鬥肘，右手捏患兒中指上下搖之，如赤鳳點頭之狀，搖20-30次。
部位：在手中指及肘部。
效用：消膨脹、定喘息，通關順氣、補血寧心。
11．鳳凰展翅
