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1.霧隱七人眾
霧隱七人眾是火影早期很有名氣的忍者組織，第一個出現在劇情裡的成員是桃地再不斬，他跟卡卡西打得不相上下，用現在的眼光看可能沒有多強，但在當時已經是很厲害的高手。
到了劇情中後期，忍刀七人眾的設定雖然變得沒有那麼強了，也依然是忍界極有威望的組織，在第四次忍界大戰中，如果忍刀七人眾人人都有刀，將會是很大的麻煩。
2.守護忍十二士
守護忍十二士是火影疾風傳之後才出現的一個組織，按照岸本最初的設想，十二士裡面的每個人都會陸陸續續出現在劇情裡，但實際上出現的只有地陸和阿斯瑪。
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漫畫裡畫完這兩個人的故事以後，劇情開始急速發展，所以守護人十二士裡面的其他成員就交給動畫原創組自己去設計了，這就很可惜。也許在岸本一開始的設計裡面，十二士將是凌駕於五忍村之上的組織。
3.曉組織
曉組織在中期開始漸漸取代大蛇丸成為火影最大的反派，這是一個由十人組成的叛忍組織，每個成員的實力都可以單獨擊敗一隻尾獸，他們四處抓捕尾獸更是增強了組織的實力。
不過由於這十個人都是反派，反派又必須被正派角色擊敗，所以曉組織以二人一組的方式送人頭，很多成員都敗在了主角團隊的手中。他們的設定應該沒有這麼弱，只是岸本為了劇情著想不得不這樣畫。
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4.九大人柱力組合
九大人柱力組合沒有出現在漫畫劇情裡，但毫無疑問這是一個很有想法的組織。以往的人柱力都是各自為戰，如果讓所有人柱力組成一個團隊，豈不美哉？
在動畫原創的奇拉比無限月讀夢境中，我們看到了所有人柱力組隊的場景，堪稱原創劇情裡的經典橋段。岸本在漫畫裡也畫過六個人柱力組隊的劇情，就是帶土帶領的人柱力六道，可惜那些都是沒有思想的死人……
5.歷代五影組合
本來九大人柱力的組合應該是最強的組合，但無奈，在火影臨近完結的時候，岸本畫了一個天下無敵的組合——歷代五影組合！
鳴人和佐助封印了輝夜之後，六道仙人和所有已經死去的五影的靈魂聯手，把鳴人等人召喚回現實世界，這群五影加上之前被兜和大蛇丸召喚的五影，估計是火影連載過程中出現的最強的忍者組合了吧！可惜他們沒有聯手跟誰戰鬥過。
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